Instituições de ensino públicas e privadas utilizam o Enem para selecionar estudantes. Os resultados são utilizados como critério único ou complementar dos processos seletivos, além de servirem de parâmetro para acesso a auxílios governamentais, como o proporcionado pelo Fundo de Financiamento Estudantil (Fies).
Os resultados individuais do Enem também podem ser aproveitados nos processos seletivos de instituições portuguesas que possuem convênio com o Inep para aceitar as notas do exame. Os acordos garantem acesso facilitado às notas dos estudantes brasileiros interessados em cursar a educação superior em Portugal.